Ngày 25/12/2019, KTNN đã có Công văn số 1624/KTNN-TH gửi SABECO thông báo về việc kiến nghị không phải nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 của SABECO. Trong Công văn nêu rõ: “Tại Báo cáo kiểm toán Báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước năm 2016 của Tổng công ty cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Sài Gòn ban hành kèm theo Công văn số 155/KTNN-TH ngày 08/02/2018, KTNN đã kiến nghị SABECO nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 là 2.495.452.387.436 đồng. Tại thời điểm kiểm toán, việc kiến nghị của KTNN đối với SABECO (doanh nghiệp có vốn góp của Nhà nước chiếm 89,59% vốn điều lệ) là phù hợp với các quy định của Nhà nước về trách nhiệm của người đại diện phần vốn nhà nước tại công ty cổ phần có vốn góp chi phối của Nhà nước”.
“Tuy nhiên, ngày 18/12/2017 (sau thời điểm kết thúc kiểm toán), Bộ Công Thương đã bán đấu giá 343 triệu cổ phiếu do Nhà nước sở hữu, tương đương 53,59% vốn điều lệ của SABECO cho Công ty TNHH Vietnam Beverage. Căn cứ ý kiến của các Bộ: Tài chính, Công Thương, Tư pháp và kết luận của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 196/TB-VPCP ngày 04/12/2019, nay, KTNN điều chỉnh, bỏ kiến nghị “SABECO phải nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 là 2.495.452.387.436 đồng” tại Báo cáo kiểm toán Báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nước năm 2016 của Tổng công ty cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Sài Gòn”.
Đối với quy định pháp luật để KTNN đưa ra kiến nghị “SABECO phải nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 là 2.495.452.387.436 đồng” tại thời điểm kiểm toán, Báo Kiểm toán xin thông tin cụ thể đến độc giả như sau: tại cuộc kiểm toán Báo cáo tài chính năm 2016 đối với SABECO (là Doanh nghiệp Nhà nước), KTNN đã căn cứ vào Điều 43 và Điều 48 Luật số 69/2014/QH13 ngày 26/11/2014; Khoản 4 Điều 20 Nghị định số 99/2012/NĐ-CP ngày 15/11/2012 của Chính phủ; Điều 13 Thông tư số 61/2016/TT-BTC ngày 11/4/2016 của Bộ Tài chính.
KTNN đã kiến nghị SABECO nộp vào NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến 31/12/2016 là 2.495.452.387.436 đồng; nguyên nhân do người đại diện phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp không tổ chức Đại hội cổ đông để phân phối và nộp ngân sách nhà nước theo quy định. Việc KTNN kiến nghị SABECO tại thời điểm là Doanh nghiệp Nhà nước (trước khi tổ chức đấu giá để Công ty TNHH Vietnam Beverage mua 53,59% cổ phần của SABECO do Nhà nước sở hữu) phải nộp lợi nhuận chưa phân phối đến 31/12/2016 là chính xác và đúng quy định pháp luật.
Tuy nhiên, sau đó Nhà nước đã bán đấu giá 53,59% cổ phần của SABECO do Nhà nước sở hữu cho Công ty TNHH Vietnam Beverage(Công ty con của ThaiBev)”.
Vì vậy, sau khi Nhà nước bán 53,59% cổ phần của SABECO, để giải quyết dứt điểm kiến nghị của ThaiBev và SABECO liên quan đến việc nộp lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 của SABECO, KTNN đã đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công Thương, Bộ Tài chính cho ý kiến về 02 vấn đề.
Một là, Bản công bố thông tin về việc thoái vốn cổ phần của Bộ Công Thương tại SABECO có trình bày đầy đủ, rõ ràng về việc SABECO sử dụng lợi nhuận sau thuế năm 2016 trở về trước để dự phòng nguồn cho nộp phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp phát sinh từ khoản thuế TTĐB phải nộp bổ sung giai đoạn 2007-2015 hoặc SABECO có nghĩa vụ tiếp tục phải nộp phạt hành chính và tiền chậm nộp thuế phát sinh từ khoản thuế TTĐB phải nộp bổ sung giai đoạn 2007-2015 để nhà đầu tư biết hay không?
Hai là, giá trị doanh nghiệp làm cơ sở xác định giá khởi điểm chào bán cổ phần của nhà nước tại SABECO có bao gồm khoản lợi nhuận sau thuế năm 2016 trở về trước của SABECO hay không. Trường hợp Bộ Công Thương, Bộ Tài chính kiểm tra lại hồ sơ thoái vốn nhà nước tại SABECO cho thấy giá trị doanh nghiệp làm cơ sở xác định giá khởi điểm chào bán cổ phần của nhà nước tại SABECO đã bao gồm khoản lợi nhuận sau thuế năm 2016 trở về trước thì KTNN sẽ điều chỉnh giảm kiến nghị, không tiếp tục đề nghị SABECO nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016.
Sau khi nhận được ý kiến các Bộ: Tài chính, Công Thương, Kế hoạch và Đầu tư, Tư pháp, Ngoại giao và Văn phòng Chính phủ, Thường trực Chính phủ đã có kết luận chỉ đạo, KTNN chính thức thông báo điều chỉnh, bỏ kiến nghị “SABECO phải nộp NSNN số lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 là 2.495.452.387.436 đồng”. Cũng nội dung tương tự, Cuộc kiểm toán Báo cáo tài chính năm 2016 tại Tổng công ty Bia-Rượu-Nước giải khát Hà Nội (HABECO), KTNN đã kiến nghị nộp Ngân sách nhà nước lợi nhuận chưa phân phối đến ngày 31/12/2016 là 1.391.826.769.190 đồng, đến ngày 30/11/2019, HABECO cơ bản đã nộp đầy đủ.