Quy trình kiểm toán được xây dựng trên cơ sở quy định của Luật Kiểm toán nhà nước, Hệ thống Chuẩn mực KTNN và thực tiễn hoạt động kiểm toán.
Quy trình kiểm toán bao gồm 4 bước: Chuẩn bị kiểm toán; Thực hiện kiểm toán; Lập và gửi báo cáo kiểm toán; Theo dõi, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán.
Việc ban hành Quy trình nhằm tạo cơ sở pháp lý và khuôn khổ nghề nghiệp để tổ chức các công việc trong một cuộc kiểm toán, các hoạt động của đoàn kiểm toán và kiểm toán viên; bảo đảm tính thống nhất trong việc tổ chức, thực hiện, quản lý hoạt động kiểm toán; là cơ sở để thực hiện việc kiểm tra, thanh tra, giám sát, kiểm soát chất lượng kiểm toán, đánh giá chất lượng các cuộc kiểm toán và đạo đức nghề nghiệp của kiểm toán viên; làm căn cứ để xây dựng hướng dẫn kiểm toán đối với từng loại hình, từng lĩnh vực kiểm toán của KTNN và việc xây dựng hệ thống mẫu biểu hồ sơ kiểm toán, giáo trình, tài liệu đào tạo, bồi dưỡng các ngạch kiểm toán viên.
Quy trình này áp dụng đối với các đơn vị trực thuộc KTNN được giao nhiệm vụ chủ trì thực hiện các cuộc kiểm toán, kiểm tra, thanh tra, giám sát, kiểm soát chất lượng kiểm toán; các Đoàn kiểm toán của KTNN; các tổ chức, cá nhân được ủy thác hoặc thuê thực hiện kiểm toán, cộng tác viên KTNN, đơn vị được kiểm toán và các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến hoạt động kiểm toán.
Theo Quy trình ban hành, giai đoạn chuẩn bị kiểm toán sẽ gồm các bước: Khảo sát, thu thập thông tin; Đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ và thông tin đã thu thập; Lập kế hoạch kiểm toán tổng quát; Xét duyệt và phát hành kế hoạch kiểm toán tổng quát; Quyết định kiểm toán; Phổ biến và trao đổi cho thành viên Đoàn kiểm toán; Chuẩn bị các điều kiện cần thiết cho Đoàn kiểm toán.
Giai đoạn thực hiện kiểm toán sẽ gồm các bước: Công bố quyết định kiểm toán; Tiến hành kiểm toán; Lập và thông qua dự thảo biên bản kiểm toán.
Giai đoạn lập và gửi báo cáo kiểm toán gồm các bước: Lập dự thảo báo cáo kiểm toán; Kiểm toán trưởng xét duyệt dự thảo báo cáo kiểm toán; Tổng Kiểm toán nhà nước xét duyệt dự thảo báo cáo kiểm toán; Gửi lấy ý kiến đối với dự thảo báo cáo kiểm toán; Tổ chức thông báo kết quả kiểm toán; Hoàn thiện, trình phát hành báo cáo kiểm toán; Phát hành báo cáo kiểm toán, thông báo kết quả kiểm toán và công khai kết quả kiểm toán.
Giai đoạn theo dõi, kiểm tra việc thực hiện kết luận kiến nghị kiểm toán gồm các bước: Lập, phê duyệt kế hoạch, quyết định kiểm tra và chuẩn bị triển khai kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán; Tổ chức thực hiện kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán tại đơn vị được kiểm tra; Lập, thẩm định, phát hành báo cáo kiểm tra; cập nhật kết quả và lưu trữ hồ sơ kiểm tra; Công khai báo cáo kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán và công khai danh sách các tổ chức, cá nhân không thực hiện kiến nghị của KTNN.
Quy trình kiểm toán cũng nêu rõ yêu cầu đối với đoàn kiểm toán và thành viên đoàn kiểm toán: Tuân thủ Luật KTNN; Luật Phòng, chống tham nhũng và nâng cao đạo đức công vụ để phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; Hệ thống Chuẩn mực KTNN; Quy chế tổ chức và hoạt động của Đoàn kiểm toán nhà nước; Quy chế Kiểm soát chất lượng kiểm toán và nâng cao chất lượng lập báo cáo kiểm toán; các quy định khác của KTNN và các văn bản pháp luật có liên quan trong suốt quá trình kiểm toán từ bước xây dựng kế hoạch kiểm toán đến thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán.
Tuân thủ đúng trình tự, thủ tục đã quy định trong Quy trình kiểm toán. Tổ chức tiến hành các công việc kiểm toán theo kế hoạch kiểm toán tổng quát của cuộc kiểm toán đã được phê duyệt theo quy định.
Việc lập và lưu trữ tài liệu, hồ sơ kiểm toán của cuộc kiểm toán được thực hiện theo quy định của Luật KTNN; Hệ thống Chuẩn mực KTNN; Quy định Danh mục Hồ sơ kiểm toán, chế độ nộp lưu, bảo quản, khai thác và hủy hồ sơ kiểm toán; các quy định khác của KTNN và của pháp luật có liên quan.
Đối với cuộc kiểm toán liên quan đến bí mật Nhà nước hoặc có nội dung liên quan đến bí mật Nhà nước, ngoài việc tuân thủ Quy trình này còn phải tuân thủ quy định của pháp luật về bảo vệ bí mật Nhà nước.
Việc kiểm soát chất lượng kiểm toán đối với các cuộc kiểm toán của KTNN được thực hiện theo quy định của Luật KTNN, Hệ thống Chuẩn mực KTNN, Quy chế Kiểm soát chất lượng kiểm toán, các quy định khác của KTNN và của pháp luật có liên quan.
Việc xử lý các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực KTNN thực hiện theo quy định tại Pháp lệnh xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực KTNN và các văn bản hướng dẫn có liên quan của KTNN.
