Điển hình, công tác quản lý Chương trình tình trạng khẩn cấp về y tế (HEP) của WHO đã bị chỉ trích nặng nề nhất. HEP được thành lập vào năm 2016 nhằm bổ sung khả năng đối phó nhanh với các dịch bệnh bùng phát, thiên tai, thảm họa… cho mọi quốc gia. Đây được coi là một trong những thay đổi có ý nghĩa nhất trong lịch sử hoạt động của Tổ chức. Tuy nhiên, năm 2018 và 2019, WHO bị chỉ trích rất gay gắt vì đã “không tài trợ kinh phí đầy đủ cho Chương trình, việc hỗ trợ các hoạt động khẩn cấp chưa kịp thời, không mang lại hiệu quả đáng kể”.
Mới đây, WHO còn bị chỉ trích vì không tuyên bố tình trạng khẩn cấp đối với dịch bệnh viêm đường hô hấp cấp do chủng mới của virus Corona (Covid-19) sớm hơn, trước khi dịch bệnh bùng phát tại Trung Quốc và nhiều nước. Ngày 27/01, WHO thừa nhận sai sót khi đánh giá chưa đúng về nguy cơ toàn cầu của dịch bệnh này, sau đó đính chính tình trạng dịch bệnh từ mức “vừa” thành mức “cao”.
Năm 2009, WHO từng nhận nhiều chỉ trích khi tuyên bố tình trạng khẩn cấp toàn cầu đối với dịch cúm H1N1 khiến mọi người đổ xô đi mua vắcxin, sau đó, H1N1 được tuyên bố không nguy hiểm như đánh giá ban đầu.
Năm 2014, WHO lại bị chỉ trích vì xem nhẹ mức độ nguy hiểm của dịch Ebola, đã càn quét các quốc gia Tây Phi, khiến hơn 11.300 người chết tính đến thời điểm nó bị dập tắt năm 2016. Đến nay, WHO vẫn đang phải nỗ lực giải quyết một số hậu quả của sự việc trên.
Năm 2016, WHO từng thực hiện một cuộc kiểm toán nội bộ, các kiểm toán viên đưa ra 90 khuyến nghị cần thiết để cải thiện hoạt động của cơ quan. Tuy nhiên, đến tháng 5/2019, có tới 59/90 khuyến nghị trên vẫn chưa được hoàn thành, trong đó có 38 khuyến nghị đặc biệt quan trọng.
Trong khi đó, Tổ chức này lại đang phải đối mặt với nhiều cáo buộc tham nhũng ngân sách. Mới đây, một ủy ban độc lập đã cảnh báo rằng, việc tuân thủ công tác kiểm soát nội bộ tại các cơ quan trực thuộc WHO đang bị phá vỡ. WHO ngày càng nhận được nhiều cáo buộc tham nhũng trong toàn Tổ chức, nhiều vụ bê bối tham nhũng, biển thủ ngân sách của cơ quan đã và đang tiếp tục bị điều tra.
TUỆ LÂM