Bên cạnh nhiệm vụ kiểm toán theo kế hoạch kiểm toán được duyệt, Kiểm toán nhà nước (KTNN) cũng tập trung vào công tác chuẩn bị cho ý kiến về dự toán ngân sách nhà nước (NSNN) và phương án phân bổ ngân sách Trung ương (NSTW). Theo các đơn vị, đây cũng là một trong những nhiệm vụ chính trị rất quan trọng của Ngành, đòi hỏi từng đơn vị phải tập trung, nêu cao trách nhiệm và nỗ lực thực hiện tốt.