Cụ thể, Hướng dẫn quy định trình tự, nội dung, thủ tục tiến hành các bước công việc của cuộc kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN, gồm: Chuẩn bị kiểm toán; Thực hiện kiểm toán; Lập và gửi báo cáo kiểm toán; Theo dõi, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán.
Các quy định này được áp dụng đối với cuộc kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN hàng năm của KTNN và được áp dụng đối với Đoàn kiểm toán của KTNN, các tổ chức, cá nhân có liên quan trong quá trình kiểm toán Báo cáo quyết toán.
Quy định cụ thể về giai đoạn chuẩn bị kiểm toán, Hướng dẫn quy định rõ, việc khảo sát, thu thập thông tin theo quy định tại Quy trình kiểm toán của KTNN. Ngoài ra, đối với cuộc kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN cần thu thập các thông tin về: Tình hình kinh tế, xã hội và tổng quát về NSNN năm được kiểm toán; thông tin về tình hình NSNN; thông tin về hệ thống kiểm soát nội bộ và các thông tin liên quan khác
Đối với việc lập kế hoạch kiểm toán tổng quát, thực hiện theo quy định tại Quy trình kiểm toán của KTNN, các nội dung chính cần xác định trong kế hoạch kiểm toán gồm:
Mục tiêu kiểm toán; việc xác định và đánh giá rủi ro kiểm toán; việc xác định trọng yếu kiểm toán dựa trên đánh giá rủi ro kiểm toán…
Các nội dung kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN gồm:
Về quyết toán thu NSNN: Đánh giá việc tuân thủ, tính hiệu quả, hiệu lực trong công tác lập, giao dự toán thu NSNN; chấp hành dự toán thu NSNN, quản lý điều hành thu NSNN; xác định số quyết toán thu NSNN; việc tuân thủ trong công tác quyết toán thu NSNN; việc hoàn thuế giá trị gia tăng; về nợ đọng thuế.
Về quyết toán chi NSNN: Xác định số quyết toán chi NSNN; việc tuân thủ trong công tác quyết toán chi NSNN; việc tuân thủ, tính hiệu quả, hiệu lực trong công tác lập, giao dự toán chi NSNN; chấp hành và điều hành dự toán chi NSNN.
Về nội dung phạm vi và giới hạn kiểm toán, Hướng dẫn nêu rõ, xác định niên độ (thời kỳ), đơn vị và các nội dung được kiểm toán, giới hạn, hạn chế không thể tiến hành kiểm toán đối với các nội dung được kiểm toán hoặc đối chiếu.
Theo Hướng dẫn, Báo cáo kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư được lập và gửi theo trình tự, thủ tục quy định tại Quy trình kiểm toán của KTNN; không thực hiện lập thông báo kết quả kiểm toán tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo quy định tại Quy trình kiểm toán của KTNN.
Báo cáo kiểm toán quyết toán NSNN trình Quốc hội được lập trên cơ sở Báo cáo quyết toán NSNN do Chính phủ trình Quốc hội, tổng họp kết quả kiểm toán năm của KTNN có liên quan đến quyết toán NSNN và Báo cáo kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Vụ Tổng hợp (KTNN) có trách nhiệm tổng hợp, lập Báo cáo kiểm toán quyết toán NSNN trình Tổng Kiểm toán nhà nước ký phát hành; trong đó đối chiếu những điều chỉnh (nếu có) giữa Báo cáo quyết toán NSNN do Chính phủ trình Quốc hội với Báo cáo quyết toán NSNN do Bộ Tài chính gửi KTNN khi thực hiện kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN tại Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
