Theo Bộ Tài chính, Luật Thuế GTGT được Quốc hội thông qua tháng 11/2024, có hiệu lực từ 1/7/2025. Tuy nhiên, trong quá trình chuẩn bị triển khai, Bộ nhận được nhiều kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, Hội đồng Tư vấn Chính sách của Thủ tướng Chính phủ và các hiệp hội doanh nghiệp, phản ánh những vướng mắc trong chính sách thuế đối với nông sản, thức ăn chăn nuôi.
Cụ thể, hàng hóa là sản phẩm nông nghiệp ở khâu thương mại đang chịu thuế GTGT đầu vào 5%, sau đó lại được hoàn thuế khi xuất khẩu, gây đọng vốn, lãng phí thời gian và chi phí cho doanh nghiệp. Nhiều tổ chức tín dụng không chấp nhận phần thuế chờ hoàn vào vốn lưu động, làm tăng áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh. Trong khi đó, nông sản và thủy sản nhập khẩu lại không chịu thuế GTGT, tạo nên sự bất bình đẳng giữa hàng sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu.
Đối với lĩnh vực sản xuất thức ăn chăn nuôi, quy định không cho khấu trừ thuế GTGT đầu vào khiến doanh nghiệp phải hạch toán vào chi phí, kéo theo giá bán tăng, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi và giảm khả năng cạnh tranh với sản phẩm nhập khẩu vốn được miễn thuế. Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu cũng gặp khó khăn khi hoàn thuế, do phải chờ bên bán kê khai nộp thuế; nếu bên bán chưa hoàn thành nghĩa vụ, hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp mua bị từ chối dù đã tuân thủ đúng quy định, gây ách tắc dòng tiền và thiệt hại sản xuất.
Trước thực tế đó, dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT được xây dựng nhằm hoàn thiện chính sách thuế đối với nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi và điều kiện hoàn thuế, tháo gỡ vướng mắc phát sinh, bảo đảm công bằng giữa các khâu sản xuất - lưu thông - xuất khẩu, qua đó khuyến khích doanh nghiệp đầu tư, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế nông nghiệp.
Phát biểu kết luận, Thứ trưởng Nguyễn Thanh Tú đề nghị cơ quan chủ trì soạn thảo rà soát kỹ lưỡng các quy định về phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu tái chế, xác định rõ đối tượng áp dụng mức thuế suất để tránh chồng chéo và bất cập trong thực tiễn. Đồng thời, cần tiếp thu đầy đủ ý kiến của các bộ, ngành, hiệp hội và doanh nghiệp để hoàn thiện hồ sơ trình Chính phủ xem xét, bảo đảm tính thống nhất, khả thi và phù hợp thực tiễn.
