Thực hiện nhiệm vụ trên, KTNN đã tập trung xây dựng, triển khai các phương án kiểm toán nhằm chủ động phòng ngừa tham nhũng, lãng phí. Trong đó, việc xây dựng, hoàn thiện hệ thống chuẩn mực, phương pháp kiểm toán và cơ chế kiểm soát quyền lực để PCTN được quan tâm hàng đầu. Đây là điều kiện quan trọng giúp KTNN tổ chức thực hiện tốt các cuộc kiểm toán.
Vai trò PCTN của KTNN được thể hiện rõ thông qua việc chú trọng phát triển các loại hình kiểm toán. Bên cạnh các cuộc kiểm toán tài chính và kiểm toán tuân thủ, KTNN từng bước đẩy mạnh kiểm toán hoạt động để đánh giá tính kinh tế, tính hiệu quả của việc quản lý, sử dụng các nguồn lực tài chính công, tài sản công, nhất là các dự án đầu tư, các chương trình mục tiêu quốc gia, qua đó góp phần ngăn ngừa rủi ro và sai phạm, nâng cao hiệu quả trong chi tiêu công, chống thất thoát, lãng phí, tham nhũng.
Đặc biệt, những năm gần đây, KTNN đã xây dựng kế hoạch kiểm toán tập trung vào những vấn đề được Quốc hội, Chính phủ và xã hội đặc biệt quan tâm, các lĩnh vực trọng yếu dễ xảy ra thất thoát, tham nhũng, lãng phí như: đầu tư xây dựng công trình, mua sắm công; quản lý đất đai, quản lý và khai thác tài nguyên khoáng sản; các dự án BT (xây dựng - chuyển giao), BOT (xây dựng - kinh doanh - chuyển giao); hệ thống ngân hàng thương mại, thuế...
Kết quả kiểm toán của KTNN khi được công khai đã tạo nên những áp lực xã hội cần thiết đối với các cơ quan, tổ chức liên quan đến việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công, qua đó hạn chế bớt sai phạm, lãng phí, thất thoát, tham nhũng. Tổng hợp kết quả kiểm toán qua hơn 25 năm hoạt động, KTNN đã phát hiện và kiến nghị xử lý tài chính trên 400.000 tỷ đồng, chủ yếu là tăng thu và giảm chi NSNN, ghi thu - ghi chi để quản lý qua NSNN. Riêng năm 2018, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính 89.600 tỷ đồng, mức cao nhất trong hơn 25 năm hoạt động.
Bên cạnh đó, thông qua hoạt động kiểm toán, KTNN có điều kiện xem xét, đánh giá chính sách, các văn bản quy phạm pháp luật, hệ thống tiêu chuẩn định mức, chế độ chi và nhận diện được những bất cập, không phù hợp với thực tiễn, góp phần hoàn thiện hệ thống chính sách, chế độ định mức, tiêu chuẩn chi tiêu công nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý kiểm tra, kiểm soát chi tiêu công. Từ khi thành lập cho đến nay, qua kiểm toán, KTNN đã phát hiện và kiến nghị sửa đổi, thay thế, hủy bỏ hoặc bổ sung 1.200 văn bản pháp luật, bao gồm: các luật, nghị định, thông tư, chỉ thị, quyết định, nghị quyết và nhiều văn bản khác không phù hợp với thực tiễn để bịt lỗ hổng về cơ chế, chính sách và pháp luật của Nhà nước, tránh thất thoát, lãng phí và PCTN.
Đáng chú ý, trong 2 năm gần đây (2018-2019), KTNN đã chuyển hồ sơ hàng chục vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật được phát hiện thông qua kết quả kiểm toán sang Cơ quan Cảnh sát điều tra để điều tra, làm rõ và xử lý theo quy định của pháp luật.
Nâng cao hơn nữa vai trò của Kiểm toán Nhà nước trong phòng, chống tham nhũng
Để nâng cao hơn nữa vai trò của KTNN trong PCTN, tiêu cực, thất thoát, lãng phí, KTNN cần thực hiện một số nhiệm vụ, giải pháp sau đây:
Thứ nhất, tăng cường tuyên truyền và giáo dục pháp luật để xã hội có nhận thức đúng về vai trò, địa vị pháp lý, chức năng và nhiệm vụ của KTNN, cũng như việc hoàn thiện khuôn khổ pháp lý, thể chế để KTNN thực hiện đúng vai trò của mình nói chung và vai trò trong PCTN nói riêng.
Thứ hai, tập trung xây dựng, hoàn thiện đồng bộ các văn bản hướng dẫn thực thi Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật KTNN và nhiều văn bản dưới Luật khác, đảm bảo thuận lợi cho công tác PCTN của KTNN.
Thứ ba, tăng cường phối hợp giữa KTNN với với các cơ quan có chức năng đấu tranh PCTN, nhất là các cơ quan tố tụng trong việc phát hiện, điều tra, xử lý các vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật, trong đó có hành vi tham nhũng do KTNN phát hiện và kiến nghị xử lý thông qua hoạt động kiểm toán. Chủ động chuyển, cung cấp kịp thời, đầy đủ hồ sơ kết quả, bằng chứng kiểm toán cho cơ quan điều tra, thanh tra, Viện Kiểm sát xem xét, xử lý khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự hoặc khi có yêu cầu của cơ quan chức năng có thẩm quyền để điều tra, kiểm tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Thứ tư, tăng cường tính minh bạch và trách nhiệm giải trình thông qua việc kiểm toán và công khai kết quả kiểm toán, qua đó khuyến khích Chính phủ và các tổ chức thực hiện đầy đủ trách nhiệm của mình nhằm sử dụng hiệu quả mọi nguồn lực.
Thứ năm, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động kiểm toán; xây dựng, ban hành các cẩm nang hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ trong từng lĩnh vực, từng loại hình kiểm toán; tăng cường áp dụng công nghệ thông tin trong hoạt động kiểm toán.
Thứ sáu, nâng cao ý thức và bản lĩnh PCTN cho cán bộ, kiểm toán viên khi thực hiện nhiệm vụ; chú trọng công tác đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ và đạo đức nghề nghiệp, văn hóa giao tiếp, ứng xử trong thực thi công vụ, giúp kiểm toán viên có khả năng phát hiện và kiên quyết đấu tranh với các hành vi tham nhũng.