Cụ thể, bên cạnh hoạt động kiểm toán việc quản lý, sử dụng ngân sách của các Bộ, cơ quan Trung ương, địa phương, KTNN đặt mục tiêu kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách hàng năm của các Bộ, cơ quan Trung ương đạt 80% vào năm 2024, tương ứng 33 Bộ, cơ quan Trung ương, 90% vào năm 2025; kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách địa phương (NSĐP) hàng năm của các địa phương để phục vụ Hội đồng nhân dân (HĐND) cấp tỉnh phê chuẩn quyết toán đạt tối thiểu 80% số địa phương cấp tỉnh, tương ứng bình quân khoảng 50/63 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Tổ chức kiểm toán hàng năm từ 03 đến 05 chủ đề kiểm toán chuyên đề, hoạt động, môi trường, công nghệ thông tin có quy mô, phạm vi rộng nhiều đơn vị tham gia.
Về định hướng nhiệm vụ kiểm toán trung hạn 2023-2025, KTNN xác định nhiệm vụ kiểm toán Chương trình mục tiêu quốc gia (MTQG), các dự án quan trọng quốc gia và một số nhiệm vụ kiểm toán có quy mô toàn ngành, nhiều đơn vị cùng tham gia thực hiện, cụ thể: Chương trình MTQG Nông thôn mới giai đoạn 2021-2025; Chương trình MTQG giảm nghèo bền vững giai đoạn 2021-2025; Chương trình MTQG phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2030.
Về kiểm toán hoạt động xây dựng và việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư dự án quan trọng quốc gia, dự án có tính chất liên vùng: Dự án đường bộ cao tốc Bắc - Nam tuyến phía Đông (giai đoạn 1); Dự án tuyến đường Vành đai 3, TP. HCM; Dự án tuyến đường Vành đai 4, TP. Hà Nội; Dự án tuyến đường cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng giai đoạn 1; Dự án tuyến đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu giai đoạn 1; Dự án tuyến đường cao tốc Khánh Hòa - Buôn Ma Thuột giai đoạn 1; Dự án Hồ chứa nước Ka Pét, huyện Hàm Thuận Nam, tỉnh Bình Thuận; Dự án các đường ven biển theo Quyết định số 129/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ; Dự án Cảng Hàng không quốc tế Long Thành...
Về kiểm toán các chuyên đề kiểm toán hoạt động gồm: Công tác lập, phân bổ vốn đầu tư Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội; việc thực hiện các chính sách đầu tư phát triển theo Nghị quyết số 43/2022/QH15; việc thực hiện chính sách hỗ trợ tiền thuê nhà cho người lao động có quan hệ lao động, đang ở thuê, ở trọ, làm việc trong các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu vực kinh tế trọng điểm theo Nghị quyết số 43/2022/QH15 tại Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội và một số địa phương; việc đầu tư mua sắm, ứng dụng phần mềm công nghệ thông tin, các hoạt động thuê dịch vụ công nghệ thông giai đoạn 2020-2022; đánh giá các chính sách ưu đãi đầu tư (về vốn, thuế và các khoản nộp NSNN, ưu đãi mặt nước biển và ưu đãi khác) tại khu kinh tế, khu công nghiệp và chế xuất; việc quản lý, sử dụng, sắp xếp lại và xử lý nhà, đất theo Nghị định số 167/2017/NĐ-CP ngày 31/12/2017 và Nghị định số 67/2021/NĐ-CP ngày 15/7/2021 tại các doanh nghiệp; việc thực hiện quyền, trách nhiệm của đại diện chủ sở hữu theo quy định tại Nghị định số 10/2019/NĐ-CP ngày 30/01/2019 của Chính phủ về việc thực hiện quyền, trách nhiệm của đại diện chủ sở hữu Nhà nước tại doanh nghiệp; hoạt động quản lý, điều hành vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt tại các địa phương; việc quản lý phần vốn Nhà nước đầu tư giai đoạn 2021-2023 tại các doanh nghiệp sau cổ phần hoá do UBND cấp tỉnh là cơ quan đại diện chủ sở hữu...
KHTK trung hạn cũng đề cập đến nhiều nội dung kiểm toán quan trọng khác, như: kiểm toán nợ công gồm; kiểm toán các quỹ tài chính ngoài NSNN…
Đối với nhiệm vụ kiểm toán năm 2024, các đơn vị được giao chủ trì đề xuất phương án tổ chức kiểm toán của Ngành (phạm vi kiểm toán do đơn vị chủ trì thực hiện, phạm vi kiểm toán do các KTNN chuyên ngành, khu vực thực hiện), gửi Vụ Tổng hợp trước ngày 01/6/2023 để tổng hợp, tham mưu Tổng Kiểm toán nhà nước ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng KHKT năm 2024.
- KHKT trung hạn 2023-2025 -
KHKT cũng nêu rõ: Các đơn vị trực thuộc KTNN căn cứ KHKT trung hạn 2023-2025, Công văn hướng dẫn xây dựng KHKT hàng năm của KTNN và các văn bản có liên quan để xây dựng KHKT trung hạn, hàng năm của đơn vị. Các đơn vị được giao chủ trì thực hiện các nhiệm vụ kiểm toán có trách nhiệm xây dựng đề cương, hướng dẫn kiểm toán và tổng hợp kết quả kiểm toán của toàn Ngành.