(BKTO) - Kiểm toán chuyên đề (KTCĐ) của KTNN là hoạt động kiểm toán chuyên sâu về một lĩnh vực, chủ đề có sử dụng nguồn lực tài chính công, tài sản công. Lĩnh vực được KTNN lựa chọn KTCĐ thường là những vấn đề kinh tế - xã hội đang được Quốc hội, Chính phủ, các cơ quan quản lý và dư luận xã hội quan tâm. KTCĐ thường được kết hợp cả 3 loại hình/nội dung kiểm toán (kiểm toán tuân thủ, kiểm toán tài chính và kiểm toán hoạt động).