Luật Phí và lệ phí hiện hành quy định: “Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách nhà nước (NSNN), trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ, phần còn lại nộp NSNN”.
Căn cứ quy định nêu trên, Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí (Nghị định 120) quy định nguyên tắc quản lý, sử dụng phí, việc xác định số tiền phí được khấu trừ hoặc để lại cho tổ chức thu phí, các nội dung chi từ nguồn phí được để lại (chi thực hiện chế độ tự chủ, chi không thực hiện chế độ tự chủ, chi nhiệm vụ không thường xuyên) và cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động (cơ quan thực hiện cơ chế tài chính tự chủ theo quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài, cơ quan công an, quốc phòng).
Tuy nhiên, quá trình thực hiện còn những cách hiểu khác nhau về cơ quan được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí (cơ quan).
Cụ thể: Có cách hiểu cơ quan này là cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tự chủ theo Nghị định số 130/2005/NĐ-CP của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước (Nghị định 130) và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 130 (Nghị định 170) là cơ quan được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí (được để lại tiền phí thu được).
Bên cạnh đó, cũng có cách hiểu là các cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tự chủ theo Nghị định 130, Nghị định 117 phải được khoán thu - chi trong dự toán được giao hằng năm.
Ngoài ra, một số cơ quan nhà nước được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ cho áp dụng cơ chế tài chính gắn với đặc thù, được để lại tiền phí thu được để chi cho nội dung đặc thù (chi thu nhập tăng thêm, chi đầu tư…)…
Để quy định về cơ quan nhà nước thu phí thuộc diện khoán chi phí hoạt động được rõ ràng hơn, Dự thảo Nghị định đã sửa khoản 1 Điều 4 Nghị định 120: Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào NSNN, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định quy định tại Điều 5 Nghị định này; phần còn lại (nếu có) nộp NSNN.
Cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động gồm: Cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước.
Đồng thời, Bộ Tài chính trình Chính phủ sửa đổi khoản 1 Điều 4 Nghị định 120 như sau: Phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào NSNN, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định quy định tại Điều 5 Nghị định này; phần còn lại (nếu có) nộp NSNN.
Cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí gồm: Cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính theo quy định Nghị định 130, Nghị định 117 hoặc cơ chế tài chính, thu nhập đặc thù theo quyết định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài; cơ quan công an, quốc phòng được giao cung cấp dịch vụ, phục vụ công việc quản lý nhà nước được thu phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí.
Dự thảo Nghị định quy định: Tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện kê khai, nộp phí, lệ phí thu định kỳ hằng ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí thu được vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách tại Kho bạc Nhà nước (KBNN); tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí thu được vào Tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc nộp lệ phí vào tài khoản thu ngân sách tại KBNN.
Căn cứ số tiền phí, lệ phí thu được nhiều hay ít, nơi thu phí xa hay gần KBNN, cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 4 Luật Phí và lệ phí quy định định kỳ ngày; tuần hoặc tháng, tổ chức thu phí phải gửi số tiền phí đã thu được trong kỳ vào Tài khoản phí chờ nộp ngân sách; tổ chức thu lệ phí phải gửi số tiền lệ phí đã thu được trong kỳ vào Tài khoản lệ phí chờ nộp ngân sách hoặc tài khoản thu ngân sách./.
