Cụ thể, qua kiểm toán đối chiếu 06 doanh nghiệp có dấu hiệu kê khai thuế phải nộp chưa đúng quy định, nhưng do giới hạn về thời gian và phạm vi kiểm toán, cơ quan thuế theo chức năng nhiệm vụ, cần tổ chức thanh tra làm rõ việc kê khai nghĩa vụ thuế của các doanh nghiệp.
Trong đó, KTNN phát hiện có công ty phát sinh giao dịch mua bán hàng hóa với Công ty mẹ, các chi nhánh phụ thuộc chiếm 90% doanh số, song tỷ suất lợi nhuận trên chi phí sản xuất kinh doanh thấp hơn 50% tỷ suất lợi nhuận của các đối tượng so sánh độc lập theo dữ liệu thu thập từ ngành thuế.
Đó là Công ty TNHH MTV Bê tông Phan Vũ Long An mua nguyên vật liệu và bán thành phẩm cho Công ty mẹ tại TP. Hồ Chí Minh doanh thu 90%; lợi nhuận trước thuế năm 2020 là 1,248 tỷ đồng/513,462 tỷ đồng doanh thu; tỷ lệ lợi nhuận/chi phí chưa bao gồm lãi tiền vay là 5,7%. Công ty TNHH MTV bê tông Phan Vũ Long An còn xác định chi phí hủy cọc không theo quy định tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC.
KTNN cũng phát hiện có Công ty cho cá nhân điều hành (là Chủ tịch HĐTV, Giám đốc) ứng vốn/mượn vốn trong thời gian từ năm 2017 đến năm 2020 không tính lãi suất, giao dịch cho vay không theo giá thị trường, thuộc diện cần xem xét, ấn định thuế theo thẩm quyền của cơ quan thuế được quy định tại khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 và khoản 1 Điều 50 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 của Quốc hội.
Điều này xảy ra tại Công ty Cổ phần IMG Phước Đông từ năm 2017 đến năm 2020 khi cho ông Lê Tự Minh - Chủ tịch HĐTV tạm ứng vay tiền lãi suất 0% từ giai đoạn 2017-2020 với tổng số tiền cho mượn là 119,1 tỷ đồng. Tương tự, tại Công ty Cổ phần Khu công nghiệp Đồng Tâm từ năm 2017-2020 đã cho các cá nhân là Chủ tịch, Giám đốc điều hành ứng vốn trong thời gian dài, không tính lãi suất số tiền 700 tỷ đồng và cũng không kê khai giao dịch liên kết.
Năm 2020, Công ty Cổ phần Khu công nghiệp Đồng Tâm có ký hợp đồng cho vay tiền với Công ty TNHH MTV Hệ thống Cung ứng toàn cầu DOKO (tỷ lệ 94% vốn góp Chủ sở hữu) vay 120 tỷ đồng, lãi suất 10% năm nhưng không kê khai giao dịch liên kết, không loại trừ chi phí lãi vay vượt mức quy định theo Nghị định số 68/2020/NĐ-CP ngày 24/6/2020 của Chính phủ.
Còn tại Công ty Cổ phần Đồng Thuận, KTNN chỉ rõ phải thu của ông Bùi Văn Hiếu (Chủ tịch HĐQT) số tiền 140.000 triệu đồng vào cuối năm 2020. Công ty có phát sinh giao dịch liên kết nhưng không kê khai, chi phí lãi vay phát sinh vượt quy định.
Cũng theo KTNN, có doanh nghiệp kê khai ưu đãi miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đầu tư mở rộng chưa phù hợp quy định tại khoản 6 Điều 18 Thông tư 78/2014/TT-BTC. Tại 01 công ty kinh doanh hạ tầng KCN đã nộp tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê nhưng kê khai, xác định giá đất được trừ để tính thuế Giá trị gia tăng không tương ứng với số năm cho thuê theo hợp đồng cho thuê lại đất khu công nghiệp.
Ngoài ra, trong quá trình kiểm toán còn có 04 doanh nghiệp không cung cấp, cung cấp không đầy đủ hồ sơ, tài liệu phục vụ cho công tác đối chiếu thuế theo yêu cầu của Đoàn kiểm toán, vi phạm quy định tại Điều 68 Luật KTNN năm 2015, đó là: Công ty TNHH Hải Sơn, Công ty Cổ phần Ngọc Phong, Công ty Cổ phần Đầu tư và Xây dựng khu công nghiệp Vĩnh Lộc - Bến Lức, Công ty TNHH Đầu tư Phúc Khang Sen Việt L.A.
Do đó, trong kết luận kiểm toán, KTNN yêu cầu các đơn vị phải nghiêm túc chấn chỉnh các bất cập, tồn tại nêu trên./.